许多人说，朱棣都敢起兵谋反了，偷偷杀个失去大势的朱允炆不是什么难事，而且朱棣本就心狠手辣。古代凡逢战事讲究师出有名，朱允炆削藩把几个叔叔治罪流放，整死湘王朱桂这是失去了群众基础。但朱棣是打着“清君侧”的名义起兵的，古代不能指责皇帝有错，都是奸臣蛊惑挟持，因此朱棣是不可能亲手杀朱允炆的。
朱允炆下落之谜有三种说法
1.化装成僧人遁逃出家做了和尚
明朝开国皇帝朱元璋曾为生计做过和尚，当朱棣燕军即将攻破南京城之时，朱允炆化妆成僧人逃出皇宫，可能是真剃光了头发，随后朱允炆以和尚身份一路奔逃，遍访各处山川，最后在一个不知名的寺庙中出家了，有人说逃到云南边陲庙宇中，直到1423年46岁时病逝。
2.从皇宫密道逃出流落海外
明朝南京皇宫是由朱元璋亲自修建的，朱元璋深知战争之残酷，修建皇宫之时即设有密道。朱允炆眼见大势已去，从密道逃出皇宫，随后走水路逃到海外隐姓埋名不知所踪。而朱棣接到密报后，数次派郑和下西洋彰显大明国威，据说是想找出朱允炆的下落。
3.在皇宫中自焚身亡
在正史中朱棣的官样说法是，朱允炆死于皇宫大火。燕军在姚广孝建议下，绕开明军主力直扑京城，南京城破之时皇宫中突然燃起大火。后来朱棣在灰烬中找到几具不明身份的尸体，于是对外宣布朱允炆在皇宫自焚身亡。
关于朱允炆下落，最不可能的就是明史中的自焚之说，历史都是胜利者写的，朱棣最希望朱允炆自焚身亡，但这极可能就是他为了安定民心的手段。而逃到海外之说也不太可信，毕竟交通太差。而最可能就是逃出后做了和尚，朱棣逝世前一年（1423年）得胡濙密报，很可能知道了朱允炆下落的确切消息，而此时朱允炆已经对他构不成威胁了。
